Стационар ГАУЗ «ООКИБ» рассчитан на 312 коек и включает в себя: 3 лечебно-диагностических отделений, в которых оказывается помощь взрослым и детям, больным инфекционными заболеваниями, приемное отделение, отделение анестезиологии и реанимации, физиотерапевтическое отделение, отделение лучевой диагностики, состоящее из рентгенологического отделения и кабинета ультразвуковой диагностики, клинико-диагностическую лабораторию, выполняющую более 500 видов клинических, гематологических, биохимических, серологических и бактериологических исследований, в том числе исследования методом полимеразной цепной реакции. На базе одного из отделений развернуты койки для больных ВИЧ инфекцией и 10 паллиативных коек для ВИЧ-инфицированных пациентов.
В диагностике и лечении больных используются новейшие методики: лазеротерапия вирусных гепатитов; применение иммуностимуляторов для лечения вирусных гепатитов, сепсиса, генерализованных форм инфекционных заболеваний; неинвазивное мониторирование основных параметров жизнедеятельности; иммуноферментная диагностика, ПЦР-диагностика вирусных гепатитов А, В, С, Д, ВИЧ, краснухи, кори, хламидиоза, клещевого энцефалита, цитомегаловирусной инфекции, сифилиса, микоплазмоза, лямблиоза, трихинеллеза, горденеллеза, трихомониаза, герпетической инфекции, туберкулеза, описторхоза и других инфекционных заболеваний; новые методики предстерилизационной очистки и стерилизации медицинского инструментария.